近些年，本市鲟鱼养殖集约化程度越来越高，但水流逐年减少、高温持续时间长、水质环境越来越差及种质退化等因素，使得鲟鱼养殖病害呈逐年上升趋势，严重时鲟鱼死亡率高达90%，给鲟鱼养殖业带来重大经济损失，已成为当前鲟鱼养殖业发展的瓶颈。鲟鱼常见细菌性疾病主要有：
细菌性出血症：患病鱼症状为体表局部出血，腹部肿胀，肝脏、腹腔内壁、肠系膜和性腺有点状出血，腹腔内充满大量的积水。主要流行于7月中下旬-9月中下旬，水温在24℃以上易发病。该病是一种发病快、死亡率高的传染性疾病，主要危害鲟鱼的幼鱼和成鱼。
药物防治：
口服氟苯尼考，每日7-15毫克/千克体重，分2次投喂，连用3-5天。口服强力霉素（多西环素），每日30-50毫克/千克体重，分2次投喂，连用3-5天。
链球菌病：患病鱼腹部发黄，鳃盖基部至胸鳍前段发红、有出血症状，肛门红肿。肾脏坏死，有腹水。主要流行于7月中下旬-9月中下旬，水温在18℃以上易发病。该病是一种发病快、死亡率高的传染性疾病，主要危害鲟鱼的幼鱼和成鱼。
药物防治：
口服氟苯尼考，每日7-15毫克/千克体重，分2次投喂，连用3-5天。口服新生霉素，每日50毫克/千克体重，分2次投喂，连用3-5天。
肠炎病：病鱼游动缓慢、食欲减退，严重者肛门红肿，轻压腹部有黄色黏液从肛门流出。鲟鱼从苗种到成鱼均可感染该病。在健康鱼的肠道内也可分离到该菌。当养殖条件恶劣、鱼体抵抗力下降时，该菌则大量繁殖，并导致疾病暴发。
药物防治：
口服氟苯尼考，每日7-15毫克/千克体重，分2次投喂，连用3-5天。口服恩诺沙星，每日20-40毫克/千克体重，分2次投喂，连用3-5天。口服大蒜素，每日40-80毫克/千克体重，1次投喂，连用3-5天。
烂鳃病：患病鱼行为迟缓、呼吸困难，鳃丝肿胀，呈斑块状溃疡，鳃上黏液增多，鳃的某些部位因局部缺血而呈淡红色，某些部位因局部淤血而变黑；严重者鳃丝末端腐烂，软骨外露。主要流行于7月中下旬-9月中下旬，感染对象为所有养殖鲟鱼。
药物防治：
口服恩诺沙星，每日20-40毫克/千克体重，分2次投喂，连用3-5天。口服氟哌酸（诺氟沙星），每日20-50毫克/千克体重，分2次投喂，连用3-5天。
肾病：鱼体体色正常，肛门红肿；解剖观察，肝脏、性腺、肠系膜等组织有点状出血；肠道红肿；肾脏腹膜下有白色结节，小米粒大小。夏季高温季节，水温在24℃以上，水质环境较差时流行。
药物防治：
口服氟苯尼考，每日7-15毫克/千克体重，分2次投喂，连用3-5天。口服强力霉素（多西环素），每日30-50毫克/千克体重，分2次投喂，连用3-5天。
除药物防治外，在夏季高温季节，通过补加地下井水和在养殖池上加盖遮阳棚降低养殖池水温，可减少鲟鱼养殖病害的发生。据调查，在养殖池上加盖遮阳棚可降低养殖水温2℃左右。