水产用有益微生物（EM）一般是指可以抑制水体和水产动物中的有害微生物的活动和降解水体中的各种不良指标，保持稳定良好的水体，促进水产动物健康成长发育的微生物，主要有光合细菌、乳酸菌、有益芽孢杆菌等，它们以无毒、无副作用和无污染等优点而在水产养殖业上得到了广泛应用。在水产养殖中，为保证水体中有足够的菌相，才可使水体生态更加稳定和优良，有益微生物使用得当，不仅能够改善养殖池的环境，也可以养提高殖鱼虾的品质及产量。
在养殖水体里，多种有益微生物相互协作迅速降解养殖过程中产生的有机物，吸收和利用水体中氨、氮、硫化氢等来净化水质，同时、通过保持稳定的有益微生物群，来以菌抑菌，减少水体中有害病菌，从而有效减少和预防水产养殖疾病的发生。
1.光合细菌
以光作为能源的光合细菌能在厌氧光照或好氧黑暗条件下利用水体中的有机物、硫化物、氨等做为氢体和碳源进行光合作用，从而净化水质。
2.枯草芽孢杆菌
枯草芽孢杆菌具有分泌强大消化酶系的能力，及时降解水体中有机物（残饵、粪便等较大有机颗粒），产生大量供其他生物生长繁殖利用的营养盐类物质，减少水体COD，间接增加水体溶氧，从而起到净化水质的作用。
3.乳酸菌
乳酸菌将养殖过程中产生的残饵、粪便以及其他有害物质迅速地分解为二氧化碳、硝酸盐、磷酸盐等无害的营养物质，减少COD，提高水体溶氧，同时，通过竞争，抑制有害菌的生长，达到净化水质，防止疾病的目的。
4.蛭弧菌
寄生在弧菌上，能够迅速裂解养殖水体中主要的致病弧菌，在减少病菌数量，防止疾病的发展和蔓延上有明显的作用。