根据农业部第2603号公告，经农业部审定，批准建立12处国家级水产种质资源保护区（第十一批）。江苏省海洋与渔业局申报的高邮湖青虾国家级水产种质资源保护区和洪泽湖黄颡鱼国家级水产种质资源保护区获批。目前，江苏省已设立国家级水产种质资源保护区36处。
高邮湖青虾国家级水产种质资源保护区位于高邮湖黄浦尖至董寺尖一线外水域，主要保护对象为青虾，其他保护对象为鲫鱼、河蚬；洪泽湖黄颡鱼国家级水产种质资源保护区位于江苏省宿迁市泗阳县、泗洪县洪泽湖水域，主要保护对象为黄颡鱼，其他保护对象为青虾。
青虾与黄颡鱼，均是《国家重点保护经济水生动植物资源名录（第一批）》公布的国家重点保护经济物种，保护区的建成对我省水产种质资源的保护、渔业的可持续发展及渔民权益的维护有着重要的意义。